快速入门

使用方法

推荐通过 VSCode 的 CLINE 插件与该工具交互。可以选择本地安装或云端部署。

本地安装

1. 安装依赖：
   • 安装 uv（Python 包管理工具）：pip install uv
   • 安装 Cromwell（工作流引擎）：brew install cromwell
2. 克隆仓库： git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git
3. 配置 CLINE 的 MCP 设置，填入脚本路径和环境变量。
4. 将 bioos-mcp-prompt.md 内容复制到 CLINE 自定义指令中。

云端安装

1. 在 Miracle Cloud 中启动 IES 实例，使用镜像：registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217。
2. 配置 CLINE 插件，确保连接正常。
3. 同样将 bioos-mcp-prompt.md 内容添加至自定义指令。

功能

• 工作流管理：提交、监控、验证 WDL 脚本。
• Docker 镜像管理：构建、检查状态、查看日志。

更多详情参考 README 文档。